Kryptogram (grek. kryptos, dold och gramma, skrift) är hemlig skrift, det vi kallar chiffer eller kodat.
Konsten att chiffrera fanns redan i det gamla Egypten, i Babylonien och Assyrien. Caesar och Augustinus använde sig av chiffer och det fanns olika varianter som omkastningschiffer, ersättningschiffer m.fl.
Allmänt känt kryptogram är sator arepo. Formeln abakadabra lär stå för en besvärjelse. C.G. Jung talade om självets kryptogram.
Isaac Newton letade hela livet efter nyckelkoden till universums kryptogram, eftersom han var övertygad om att Gud själv lagt in en matematisk formel i sitt skapande.
Nutida funderingar finns t.ex. i boken Bibelkoden.