Fysiska märken på kroppen
Att samma process som ligger bakom stigmata även skulle ligga bakom alla dessa fysiska symptom som abduktanter ofta erfar har ibland föreslagits som en förklaring. Detta torde fungera som en hållbar förklaring om denna process kan bevisas uppstå även i fall då abduktanten är antingen delvis eller helt omedveten om sina upplevelser. Stigmata är annars ett fenomen som uppstår hos starkt religiösa människor. Det vanligaste scenariot är då att personen får blödande eller vätskande sår på samma ställen på kroppen som Jesus hade sår när han korsfästes. Den starkt religiösa personen är i dessa fall införstådd med historien om Jesus på korset och således blir stigmatan lättare att förklara ur vetenskaplig synvinkel.
I fallen med abduktanter så är det som sagt vanligt att de inte är medvetna om sina upplevelser (oavsett om man vill förklara dessa upplevelser som fysiskt verkliga eller som något som bara pågår i huvudet hos abduktanterna) och därför blir processen som ligger bakom stigmata-fall svårare att använda som vetenskaplig förklaring. Dessutom är abduktanten i vissa fall inte ens medveten om att hon har vissa fysiska märken på kroppen, utan får vetskap om dessa först när t ex en anhörig påpekar att de finns där. Så är ibland fallet när märkena är belägna på ställen på kroppen som abduktanten har svårt att se själv; t ex på baksidan av knäet.