Manikeismen grundades av Mani (216-276) som i sin ungdom fick två visioner. Dessa fick honom att predika en ny gnostisk lära. Mani sa att han fulländat Buddhismen, Zoroastismen och Kristendomen då dessa förvanskats och han därav var den sista i raden av profeter. För att sprida sin religion skrev Mani sju böcker, vilket fick Manekismen att leva kvar länge efter hans död.
En av Manikeismens tidiga anhängare var filosofen Augustinus som senare blev katolsk kristen.
Det sägs att Katarerna och Bogomilerna ska vara ny-manikéer, men det har förmodligen inget samband.
Från mitten av 200-talet spred sig Manikeismen från ursprungslandet i Babylonien (nuvarande Irak) och södra Iran.
Mani missionerade både öster- och västerut.
Västerut spreds den via saudi arabien, Egyptien och hela norra afrika fram till tunisien där den spreds vidare till Grekland, Italien och Spanien och från spanien norrut mot Frankrike.
Under en tid hade Manikeismen inflytande i det romerska riket, där den uppträdde som en form av kristendom.
I väst förklarades den dock som en irrlära och förblev ett problem för kristendomen under flera århundraden, eftersom den ständigt döck upp i nya former bland bogomiler, paulicier och katorer.
I öst klarade manikeismen mycket bättre. Däråt spreds manikeismen längs silkesvägen och fick sitt centrum i centralasien där den, år 762, blev den officiella religionen i Uighuristan (nuvarande Mongoliet).
Mongolernas erövringar under 1200-talet innebar slutet för Manikeismen i Uighurstan.
Den ska även ha haft ett viktigt centrum i västra turkestan (i nuvarande Kina). Därifrån fördes den till Kina, där den under lång tid konkurerade med Buddhismen och dess anhängare fick lida sporadisk förföljelse under flera århundraden.
I vissa Kinesiska provinser, såsom Fujian, existerare manikeismen under namnet Mingjiao (ljusets religion) ända till 1600-talet.
Det finns teorier att manikeiska influenser kan spåras än idag inom grenar av buddhismen och den muslimska sufismen.
Manikeismen såg världen dualistiskt - den var en motsättning mellan kropp och själ, materia och ande, satan och gud. Världen är ett slagfält mellan goda och onda krafter; mellan ljus och mörker. Materien är ond, men anden är god, och varje människa är en blandning av båda, där den ljusgnista som är hennes själ längtar efter befrielse från kroppens grova material.