Staden Alexandria på nordafrikas kust var under århundradena efter Kristi födelse en smältdeg av religion, filosofiskt tänkande och olika ideologier. Där fanns de två största av antikens bibliotek, som anlagts cirka 250 år före Kristi födelse. Det ena biblioteket innehöll antikens viktigaste skrifter med över trettiotusen skrifter och det andra biblioteket, Museion, hade kopior av skrifterna och var avsett för mer praktisk forskning. Alexandria var vid denna tid ett av fornkyrkans förnämsta teologiska centra, det sägs att aposteln Markus verkat där, och att kristendomen därför tidigt fick ett starkt fäste i staden.
Det var här i Alexandria som Hypatia levde på trehundratalet och här sägs hon ha beklätt läroämbetet i platonsk filosofi. Hon kan helt enkelt ha haft en kommunal professur i filosofi för hon undervisade människor från olika religioner. Hon hade grekisk bakgrund och tillhörde den nyplatonska skolan även om hon var väl hemmastadd i dåtidens alla filosofiska system. Hon var skolad i filosofi och matematik och hennes kommentarer gällde framför allt Apollonius och Diofantes geometri. Hon undervisade såväl i Aten som i Alexandria och Hypatia tvekade inte att förläsa om Platons och Aristoteles filosofi. Hennes livsuppfattning var den gamla grekiska tron förklarad och uttolkad av de stora filosoferna. Det ansågs som en ynnest att få lyssna på hennes föreläsningar att få företräde hos den kvinnliga filosofen (Gibbon, del III, sid 211).
Hypatia älskade att disputera med människor, hon hävdade förnuftets roll gentemot kristendomen och kan kallas förnuftsrationalist. Hypatia var matematiker, astronom och fysiker. Vid denna tid började vetenskapen att delas upp i olika fack. Hon studerade hur ett plan skär en kon och vilka plangeometriska figurer som då uppkommer, med andra ord kägelsnitt som ellips, parabel och hyperbel. Hon utvecklade även instrument för astronomisk forskning. Dessa upptäckter vidareutvecklades av Descartes, Newton och Leibniz. Hennes mest betydande arbete var Kommentarer till Diophantus Arithmetica i tretton böcker. Hon skrev också en avhandling Om Apollonius koner, den omfattade åtta böcker. Förmodligen var hennes texter avsedda för hennes studenter och det finns inga intakta skrifter bevarade, men man tror att en del av hennes skrifter finns bland hennes fader Theons handlingar. Information om Hypatia och hennes verk finns i brev från hennes lärjunge Synesius av Cyrene.
Det har sagts att Hypatia är en länk mellan Plotonius och Augustinus. Före Plotonius fanns Platon och efter Augustinus kom många medeltida tänkare.